工学院大学附属高中综合科学课程以攻克日本大学医学部、齿学部以及难关理工大学为目标，实行特色理科教育。课程安排在高二下学期完成整个高中教学计划，高三学年进行难关大学入学考试问题练习，并且根据学生的志愿学习更专业的医学及科学知识，积累知识储备应对大学考试。 



除专业授课外，也设有非常多的社会实践活动，聘请优秀的医生、学者进行演讲活动，与海外医科大学合作，让学生们了解世界医疗动向，培养自身实力。此外，学生们可以最大限度地利用工学院大学的教学资源，大学教师也会对同学们进行指导。



高一时以基础科目为主要教学内容，同学们在打好基础的同时发现自己的升学意向。课程有配套的学习系统，引导同学们培养思考能力、解决问题能力和沟通能力。



高二开始学生们自由选择文理科，理科以英语、数学和理综为重点科目，文科以英语、国语和历史为重点科目。高三时开始引入大学入试演习，以第一志愿校为目标，培养同学们的应试能力。



综合特别升学课程和综合升学课程都以考入学术性大学为目标，学校希望在高中阶段就培养起学生们的自学能力和逻辑思维能力，以便更好地融入大学生活。



工学院大学附属高中作为剑桥英语指定校，使用的英语教材为剑桥英语。采用“对话型”授课方式，利用多媒体教育，给同学们更多展示自我的机会。