镇西学院高中于1881年10月23日于长崎市东山手町创立，最初名为英和高中，后来更名为镇西学馆，镇西学院，校舍也历经迁移，最终至此。

2020年10月22日，星期四在镇西学院高中建校139周年的纪念礼拜上，姜尚中院长致辞，传递了给学生的寄语。10月26日星期二的全体礼拜上，川崎健校长也传达了对学生的期待，对学校未来的信心。