日本9日开始实施新的外国人居留证制度，在日外国人必须申请新的“在留卡”。据日本新闻网、《产经新闻》等9日报道，在日台湾人当天拿到的在留卡的“国籍、地域”一栏，不是像此前一样记为“中国”，而是变成了“台湾”。对此，日本法务省出入境管理局参事官室官员9日接受《环球时报》记者采访时称，这并不意味着日本要把台湾当做国家对待，而是当做地域对待。该参事官解释称，日本过去的出入境管理制度规定，外国人登陆证明的“国籍等”一栏中必须填写国籍，而新的外国人在留卡制度将台湾当作“地域”对待，因此可以填入。
       富士电视台9日报道称，为了减少外国人非法滞留，新外国人在留管理制度9日开始实施，此前使用的“外国人登陆证”将废止，在日外国人必须申请新的在留卡。外国人登陆证明中的“国籍等”一栏，在留卡中被改为“国籍、地域”。报道称，自1972年中日邦交正常化后，日本政府不承认台湾的国家地位，赞同台湾是中国的一部分。因此，在日台湾人的“外国人登陆证”中的“国籍等”一栏中都填写的是中国。但是新在留卡中台湾人可以在“国籍、地域”栏中填写台湾。日本新闻网9日引述一名在日台湾人的话称，终于看到自己的在留卡国籍一栏被记入台湾，“恢复了我真正的身份，很高兴”。还有报道称，由于准备不足，当天发放在留卡的不少地方出现混乱。
       日本法务省出入境管理局参事官室官员对《环球时报》记者称，日本之前的在留管理制度规定必须要让外国人填写国籍，台湾不是国家所以不能填写。但是伴随着新制度的生效，在留管理制度被废止，在留资格证明书也取消了。新的管理制度规定外国人必须办理在留卡，在留卡上可以填写国籍或者地域。《琉球新报》报道称，新的在留卡制度实施后，合法滞留的在日台湾人只要出示台湾护照就可以将“国籍、地域”栏填为台湾。这主要发放给合法在日3个月以上的台湾华侨、留学生、技术人员等。
       在日外国人在留卡制度从2009年3月开始提交国会审议。《产经新闻》当时曾报道称，日本政府不承认台湾是一个国家，但将台湾护照定为“拥有行政法令规定地区权限的机关发行的文书”给予承认。除台湾外，巴勒斯坦自治区也被赋予这样的地位。自2007年开始，巴勒斯坦在外国人登陆证上被记入“国籍”，但台湾的地位一直没有改变，在日台湾人还是必须填写中国。截至2007年，在日中国籍登记人数约为60万人，其中约4.2万人为台湾人。2001年7月，陈水扁执政时曾要求日本政府承认台湾的国家地位，此后的2003年，李登辉也提出过同样的要求，都被日本政府拒绝。《产经新闻》称，日本新在留卡上台湾人可以填写国籍为台湾，可以预想会引起中国政府的反对，这将考验日本执政党和在野党的应对能力。